门司港站站体建筑以新文艺复新风格为基调，由名为复折式屋顶的巨大顶部与两层中央建筑、单层东西建筑组成。外壁为砂浆涂装，设计为贴石外层风格，部分装饰为水刷石饰面。壁面上部环绕外包铜板的小型檐廊及女儿墙，复折式屋顶的大角度斜坡面为天然石板瓦结构，而小角度斜坡面则为金属板接缝结构，并设有多处屋顶窗。位于屋顶的栅状装饰及突针是本次维修施工中按照旧时图片等资料进行还原后设置的结构。
中央建筑正面为左右对称，正面两端分别突出一部，其四周设有柱形结构（高柱式）。正面中央顶部设有三角墙和大钟。大钟安装于建筑竣工4年后的1918（大正7）年，被视为门司港站的象征。东西建筑设计为单面倾斜顶棚样式，并在上部开设高窗，从而实现室内采光。从中央建筑大厅至东西建筑正面的单面倾斜顶棚呈无壁式开放设计，这些结构形成的阴影使建筑外立面演绎出内部深远的意境。