⾨司港駅舎はネオルネサンス様式を基調とし、マンサード屋根と呼ばれる大きな屋根と、二階建の中央棟、平屋建ての東⻄棟からなります。外壁は⽯貼り⾵の⽬地を設けたモルタル塗で、装飾の⼀部は洗い出し仕上げとしています。壁⾯上部には銅板張りの小さな庇とパラペットが廻り、マンサード屋根の急勾配部分は天然スレート葺で、緩勾配部分は⾦属板⽡棒葺とし、各所にドーマー窓を設けています。屋根にみられる柵状の飾りや突針は今回の修理工事で古写真等の資料から復原されたものです。
中央棟正⾯は左右対称で、正⾯両端を一間突出させ、その四隅には柱形（ジャイアント・オーダー）を構えています。正面中央頂部にはペディメントと⼤時計を設けています。⼤時計は、竣⼯して4年後の1918（⼤正7）年に設置されたもので、⾨司港駅のシンボルとして親しまれています。東⻄棟には⽚流れの上家を設け、その上に⾼窓を設けることで室内に光を取り込んでいます。中央棟のエントランスから東⻄棟の正⾯上家は吹き放ちとなっており、それらの影が落ちることで奥⾏きを感じさせるファサードとなっています。